Сегодня университет является одним из крупнейших медицинских вузов сибирского региона и России в целом. Образовательная деятельность университета подтверждена Сертификатом соответствия системы менеджмента качества требованиям ГОСТ Р ИСО 9001-2008 (ИСО 9001:2008). По результатам официальных и независимых экспертиз ОмГМУ неизменно, из года в год, входит в число 100 лучших вузов России. 

Большим и важным разделом работы является научная деятельность и подготовка кадров. В организации и координации научных исследований принимают участие Ученый совет университета, 8 проблемных комиссий, отдел аспирантуры и докторантуры, студенческое научное бюро, 4 докторских диссертационных совета и другие научные подразделения ОмГМУ. Приоритетными направлениями исследований вуза являются:

– актуальные проблемы охраны репродуктивного здоровья и педиатрической патологии в региональном аспекте;

– медико-социальные проблемы наркологии в условиях крупного промышленного центра;

– разработка и клиническая апробация новых методов и технических средств в хирургии;

– региональные особенности инфекционной патологии: мониторинг, клинический анализ, программы эпидемиологического надзора, вторичные иммунодефициты;

– социально-гигиенические аспекты здоровья населения Омской области;

– стоматологические заболевания у населения Сибири и Севера;

– экстремальные и терминальные состояния: вопросы патогенеза, клиники, диагностики и лечения;

– совершенствование лекарственной помощи населению Сибирского региона.

Молодые сотрудники ОмГМУ являются постоянными участниками конкурса У.М.Н.И.К. Приятно отметить, что пять молодых ученых ОмГМУ стали победителями данного конкурса в номинациях “Медицина будущего” и “Биотехнологии” в мае 2012.

Обучающиеся в университете иногородние студенты проживают в общежитии. Университет располагает 6 общежитиями.

Университет участвует в реализации 6 договоров о проведении совместных научных исследований и интеграции образовательных программ с несколькими университетами и научно-исследовательскими институтами.

В частности, имеется двухсторонний договор со Страсбургским университетом Франции, а также с Люксембургским университетом. Ежегодно там проходят стажировку студенты лечебного факультета, клинические ординаторы и врачи. Совместно с медицинским факультетом Страсбургского университета, Люксембургским университетом, Минздравом Омской области, областным онкологическим диспансером и Барнаульским филиалом НИИ онкологии получен образовательный грант Евросоюза «Модернизация образовательных программ для онкологической службы Омской области» с суммой финансирования 500 тыс. евро. Грантодержателем является университет.